招生学科专业聚焦国家战略和云南经济社会发展重大需求。按照国家教育行政主管部门下达的“西南联合研究生院专项招生计划”招生。招生计划主要按共建单位优势特色学科分配；同时根据云南经济社会发展急需人才情况，向共建单位适当安排定向计划。鼓励企事业单位、科研院所参与联合培养。

依托云南三所高校和合作共建部属高校共有优势、特色学科专业，聚集生命与资源环境等学科领域，兼顾材料科学、数学、物理学、化学，民族学、政治学、教育学等人文社会科学领域，以及基础学科、交叉学科和新兴学科等领域，由院务委员会根据理事会咨询建议确定年度招生专业。

在西南联合研究生院科技专项支持下，推进导师科研及研究生人才培养相融合。围绕生命科学与生物医药、生态安全与资源环境、先进材料与智能制造等前沿及交叉领域科技创新及人才培养需求，确定招生专业方向。