西南联合研究生院立足科教融合创新人才培养模式，采用合作共建云南三校双聘博导、合作共建部属三校及其他机构双聘博导（合作导师）结对，组建“双导师”，开展博士研究生联合培养。

现有来自46所高校、科研院所和行业龙头企业的双聘博导394名，其中合作共建云南三校双聘博导193名（云南大学102名、昆明理工大学56名、云南师范大学35名）；合作共建部属三校及其他机构双聘博导（合作导师）201名，其中合作共建部属三校双聘博导147人（北京大学65名、清华大学55名、南开大学27名），其他机构（21所高校、16个科研院所、3家行业龙头企业）双聘博导54人。

现394名双聘博导中，有院士和学部委员41名、杰青79名、长江学者51名、国家海外高层次人才7名、国家“万人计划”领军人才26名、国家“四青”人才57名。另有北京大学博雅学者、国家重点研发计划项目首席、国家社科基金重大项目首席、国家自科基金重大首席和重点项目负责人、教育部新世纪优秀人才等133名，高水平人才汇聚优势进一步提升。