西南联合研究生院立足科教融合，创新人才培养模式，采用合作共建云南三校双聘博导、合作共建部属三校及其他机构双聘博导（合作导师）结对，构建“双导师制”，开展博士研究生联合培养。

西南联合研究生院现有双聘博导323名，其中，院士和学部委员（38名）、杰青（65名）、长江学者（39名）、国家海外高层次人才（7名）、国家“万人计划”领军人才（16名）、国家“四青”人才（45名）等210名，另有北京大学博雅学者、国家重点研发计划项目首席、国家社科基金重大项目首席、国家自科基金重大首席和重点项目负责人、教育部新世纪优秀人才等113名。

双聘博导来自38所高校、科研院所和行业龙头企业。合作共建云南三校双聘博导161名，其中云南大学89名、昆明理工大学43名、云南师范大学29名。合作共建部属三校及其他机构双聘博导（合作导师）162名，其中合作共建部属三校双聘博导125人（北京大学59名、清华大学49名、南开大学17名）；其他机构（16所高校、13个科研院所、3家行业龙头企业）双聘博导37人。